• аналіз актуального стану та перспектив розвитку відносин України з Європейським Союзом, іншими інтеграційними об’єднаннями та структурами;
• прогнозування реакції різних політичних сил цих країн на зовнішню та внутрішню політику України,
• здійснення наукового аналізу та вироблення практичних рекомендацій щодо суспільно-політичного розвитку прикордонних областей і Чернівецької області зокрема;
• проведення моніторингу, аналізу і вироблення пропозицій у діяльності єврорегіону „Верхній Прут”;
• впровадження досвіду роботи єврореґіонів Західної Європи та можливостей його використання в діяльності єврорґеіону „Верхній Прут”;
• моніторинг ефективності інформаційного забезпечення реалізації євроінтеграційної стратегії України;
• вивчення можливостей економічного та політичного співробітництва України з державами Південно-Східної та Центральної Європи та її участі в інтеграційних європейських процесах;
• відстеження динаміки соціально-економічного розвитку прикордонних з Україною повітів Румунії та Республіки Молдова та їх впливу на міжетнічні стосунки.

Відповідно до зазначених цілей, діяльність НДІ ЄІРД зосереджена на таких напрямах:

• Проведення фундаментальних і прикладних  досліджень, які відповідають світовому рівню.
• Участь у підготовці студентів, магістрантів, аспірантів і докторантів відповідно до головних напрямів наукової та аналітичної діяльності НДІ ЄІРД і вимог регіонального розвитку економіки.
• Підготовка науково-методичної бази підвищення кваліфікації наукових і науково-педагогічних  працівників, здійсення післядипломної підготовки та перепідготовки кадрів за головними напрямами наукової і аналітичної діяльності НДІ ЄІРД.
• Адаптація навчальної та наукової діяльності до вимог європейського науково-освітнього  простору.
• Використання кадрового наукового потенціалу НДІ ЄІРД для вирішення актуальних наукових, політичних, соціально-економічних та культурних проблем регіонального розвитку.
• Інтегрування науково-навчальної діяльності НДІ ЄІРД з науковою діяльністю академічних наукових установ та процесом державного управління регіональним розвитком.
• Міжнародне наукове та освітнє співробітництво з університетами-партнерами, зокрема міжнародними фондами.